Nel 1990 venne ceduto alla Roma. Nella squadra della Capitale, in 13 stagioni, ha collezionato 436 presenze e realizzato 20 gol. Con la maglia giallorossa vinse la Serie A nel 2001, una Supercoppa italiana e una Coppa Italia nel 1991, raggiungendo anche la finale di Coppa UEFA nello stesso anno. Aldair è stato riconosciuto nel 2000 come uno dei migliori giocatori del mondo essendo stato selezionato nella FIFA XI; tuttavia, è rimasto fedele ai colori giallorossi nonostante il club non avesse vinto grandi trofei nel periodo del brasiliano nella Capitale.
Grazie alla sua lunga carriera con la Roma, Aldair è attualmente il giocatore straniero con più presenze nella storia del club. Nel 1998 fu scelto per essere capitano dei giallorossi, ma preferì concedere la fascia all’allora ventiquattrenne Francesco Totti. Per il suo contributo alla Roma, Aldair è stato inserito nell’ A.S. Roma Hall of Fame nel 2012 e quindi riconosciuto come uno dei miglior calciatori della storia del club. E’ stato soprannominato “Pluto” dai tifosi romanisti. 

Dopo la sua lunga storia in giallorosso, Aldair si trasferì per un breve periodo al Genoa, prima di trasferirsi al Rio Branco Atletico Clube e aiutarlo a vincere il campionato estadual. Nel 2017, inoltre, partecipò alle qualificazioni di Champions League con la maglia del Murata, piccolo club sammarinese. Successivamente si avvicina a un nuovo sport di origine brasiliana, il footvolley.
Con la maglia della Nazionale brasiliana ha partecipato a tre campionati del Mondo (1990, 1994 e 1998) e ne ha vinto uno nel 1994.  Ha partecipato anche a tre Copa América, vincendola nel 1998 e 1997 e raggiungendo la finale, poi persa, nel 1995. Con la maglia verde-oro ha anche vinto una medaglia di bronzo nelle Olimpiadi del 1006 e una Confederations Cup nel 1997. In totale ha timbrato 81 cartellini tra il 1989 e il 2000, segnando anche tre gol.